Revelado nas categorias de base do São Paulo, Juan teve uma passagem pelas equipes inferiores do Arsenal, da Inglaterra, antes de desembarcar no Rio de Janeiro para defender o Fluminense no Campeonato Brasileiro de 2004.
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Após boas apresentações nas Laranjeiras, sobretudo no Brasileirão de 2005, o lateral-esquerdo foi contratado para reforçar o Flamengo nesta temporada. Mas não imaginava que, com sete meses na Gávea, marcaria o último gol da vitoriosa campanha do Rubro-Negro na Copa do Brasil.
– É sempre importante marcar gols, ainda mais em uma final e contra o Vasco da Gama – comemorou Juan. – Um clube como o Flamengo tem que estar disputando títulos sempre, porque essa torcida maravilhosa merece – acrescentou o jogador.