Ainda que o segmento em licitação da Via Mar não tenha previsão do investimento, o governo do Estado trabalha com a possibilidade de implantação de ferrovia em traçado vizinho à nova rodovia litorânea. A faixa de domínio da futura estrada, com 100 metros de largura, permitirá eventual ampliação da rodovia e, se houver viabilidade, a instalação de linha de trem, conforme avaliação da Secretaria de Portos, Aeroportos e Ferrovias. No entanto, eventuais definições dependem também do futuro da Malha Sul, o conjunto de ferrovias que cruza os Estados do Sul. De qualquer forma, as construções não serão simultâneas: a Via Mar deve começar antes, com espaço sendo deixado para eventual nova ferrovia.
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A Via Mar tem traçado planejado de 145 km entre Joinville e o Contorno Viário da Grande Florianópolis. Neste momento, está em andamento a licitação de um dos cinco lotes, em segmento de 25 km entre Navegantes e Itajaí. A Ferrovia dos Portos também tem rota litorânea, com 62 km entre Araquari e Navegantes. A linha fará a ligação entre os complexos portuários de São Francisco do Sul e Itajaí.
O projeto executivo da nova ferrovia foi concluído e passa por revisão, a ser encerrada até o final do ano. As obras vão custar mais de R$ 1,5 bilhão e não há uma fonte de recursos definida: o interesse é formar uma parceria público-privada (PPP). Como a Via Mar tem traçado pelo Litoral, surgiu a ideia de a ferrovia acompanhar a estrada.
Tecnicamente, não há como a Ferrovia dos Portos ser paralela à Via Mar em toda extensão. Há pontos de relevo mais acidentados nos quais a ferrovia não seria viável. Mas há viabilidade na maior parte do trecho, ainda que implique em mudança no traçado ferroviário, como ponto inicial passando para Guaramirim em vez de Araquari – Guaramirim também tem ligação ferroviária com São Francisco do Sul.
Futuro do Malha Sul
No entanto, o governo do Estado quer mais garantias de compartilhamento da futura ferrovia com a Malha Sul, para que a linha esteja conectada à malha ferroviária nacional. Se não o direito de passagem da nova linha com as demais ferrovias não for assegurado, o mercado não vai se interessar pelo investimento, na avaliação da secretaria.
A recuperação do Tronco Sul no Estado (entre Mafra e Lages, atualmente sem operação) também faz parte das cobranças do governo do Estado. O leilão da Malha Sul, com fatiamento em três lotes, está previsto para 2027. O governo estadual não concorda com a divisão em três segmentos devido ao temor de que somente um dos lotes atraia o interesse dos operadores.