A sequência de resultados ruins que culminaram no primeiro rebaixamento da história da SAF do Athletic rendeu a saída do técnico português Rui Duarte. Ele ajudou a escapar da queda na Série B do Campeonato Brasileiro, mas não teve o mesmo resultado no Campeonato Mineiro.

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De acordo com o Athletic SAF, a decisão pela saída do técnico foi feita em comum acordo, com a rescisão do vínculo. Auxiliares de Rui Duarte na comissão técnica, Neca Fernandes e Frederico Carmo também deixam São João del Rei.

O técnico portuguêschegou ao Alvinegro em junho de 2025. Rui Duarte assumiu o time ainda no primeiro turno da Série B do Campeonato Brasileiro, quando a equipe estava na vice-lanterna da competição, dentro da zona de rebaixamento. O treinador estreou no comando técnico no lugar do demitido Roger Silva no dia 23 de junho de 2025, com uma vitória fora de casa diante do então líder Goiás.

Neste ano, os resultados não apareceram, e o time foi rebaixado no Campeonato Mineiro, com apenas uma vitória em oito jogos. No total, Rui Duarte tez 34 partidas à frente do Athletic. Foram 10 vitórias, 12 empates e 12 derrotas. O aproveitamento foi de 41,17% dos pontos conquistados.